インボイス制度では、課税仕入れについて適格請求書（インボイス）等を受領・保存できない場合、原則として仕入税額控除を受けることができません。

ただし、インボイス未登録者からの課税仕入れについては、一定期間に限り、仕入税額相当額の80％・70％・50％・30％を控除できる経過措置があります。

そして、この経過措置には、同じ相手からの対象仕入額が一定の上限を超えると、超過部分には適用しないという規定があります。その上限が、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から、税込10億円から税込1億円へ引き下げられます。

今回は、法人が原則課税で計算し、課税期間と事業年度が一致する通常のケースを前提に、事業年度の開始日で区分して説明します。宅建業者・古物商・再生資源・特定金属くずなど、帳簿のみで控除できる別の特例は説明対象に含めません。

まず確認：経過措置は「未登録者からの課税仕入れ」が対象です

この経過措置は、単にインボイスをもらい忘れた支払すべてに使えるものではありません。相手がインボイス発行事業者ではないため、インボイスの交付を受けられない課税仕入れが対象です。

対象となる相手には、免税事業者のほか、登録を受けていない課税事業者や一般消費者も含まれます。登録事業者からのインボイスの受領漏れや紛失については、交付・再交付を依頼するなど、必要な保存書類を整える対応が基本です。

控除割合は、課税仕入れを行った日によって、次のように変わります。

ここでいう割合は、購入代金そのものに掛ける割合ではなく、仕入税額相当額に掛ける割合です。課税売上割合や用途による控除制限などは、別途検討が必要です。

1．令和8年10月1日より前に開始する事業年度―10億円基準

令和6年10月1日から令和8年9月30日までに開始する事業年度では、同じ未登録の相手から行う経過措置対象の課税仕入れの合計額が、その事業年度で税込10億円を超える場合、超える部分には経過措置を適用できません。

例えば、令和8年4月1日から令和9年3月31日までの事業年度は、令和8年10月1日より前に開始しているため、上限は10億円です。

ただし、同じ事業年度の中でも、令和8年9月30日までの対象仕入れは80％、令和8年10月1日以後の対象仕入れは70％になります。

上限が10億円のままでも、控除割合は事業年度の途中で変わります。

※令和6年10月1日より前に開始する課税期間には、この10億円上限の規定は適用されません。「令和8年10月1日より前なら、すべて10億円基準」という意味ではありません。

2．令和8年10月1日以後に開始する事業年度―1億円基準

令和8年10月1日以後に開始する事業年度では、同じ相手からの経過措置対象の課税仕入れに対する上限が、税込1億円に引き下げられます。

令和8年10月1日から令和9年9月30日までの事業年度であれば、対象仕入れのうち1億円までの部分には70％控除を適用し、1億円を超える部分には適用しません。

1億円以下の部分が100％控除になるわけではなく、1億円を超えたことで全額が控除できなくなるわけでもありません。上限までの部分は割合控除、超過部分は経過措置の対象外という仕組みです。

同じ相手から1億2,000万円仕入れた場合

この事業年度に、未登録のA社から経過措置対象の課税仕入れを税込1億2,000万円行ったとします。

• 1億円までの部分：仕入税額相当額の70％を控除
• 超過する2,000万円部分：経過措置による控除はできない

一方、A社から6,000万円、別のB社から6,000万円であれば、それぞれ1億円以下なので、この上限による制限はありません。判定は自社の仕入総額ではなく、売り手ごとに行います。

3月決算法人は、令和9年4月開始の事業年度から1億円基準です

通常の3月決算法人では、次のように整理できます。

実務では、控除割合は仕入日、上限は課税期間の開始日で確認することが大切です。令和8年10月1日に、すべての会社の上限が一斉に1億円へ変わるわけではありません。

※個人事業者は、通常、令和9年分から1億円基準となります。課税期間を短縮している場合などは、事業年度の開始日だけで判断せず、課税期間に即して確認してください。

経過措置を使うために、確認・保存するもの

経過措置は、対象金額が上限以下であれば自動的に適用できるわけではありません。所定の帳簿と請求書等の保存が必要です。

• 取引先の登録状況：取引時点でインボイス発行事業者かどうかを確認します。
• 相手先別の対象仕入額：同じ相手からの複数回の仕入れを事業年度で合計します。土地代などの非課税取引は含めません。
• 帳簿：相手方の氏名・名称、取引日、内容、支払対価などに加え、「70％控除対象」など経過措置を適用する旨を記載します。
• 請求書等：作成者、取引日、取引内容、税率ごとの税込金額、買主の氏名・名称など、所定の事項を満たす書類を保存します。

高額取引は、契約前に控除の見通しを確認しましょう

インボイス未登録者からの仕入れは、原則として控除できないところ、経過措置によって一定割合の控除が認められています。10億円・1億円という基準は、その経過措置の適用を制限する上限です。

未登録の相手から高額な建物や設備を購入する場合や、特定の相手への仕入れ・外注が集中する場合には、事業年度の途中でも上限を超える可能性があります。契約・発注の段階で、相手の登録状況、適用される上限、年度内の取引見込みを確認しておきましょう。

藁総合会計事務所では、取引の内容と自社の課税期間を踏まえ、仕入税額控除の取扱いと経理処理を確認します。大口取引を予定している場合は、事前にご相談ください。

東京・品川区の税理士
藁総合会計事務所

根拠・参考資料

• 消費税法第30条第7項（帳簿及び請求書等の保存）
• 平成28年改正法附則第52条・第53条（免税事業者等からの仕入れに係る経過措置）
• 国税庁 インボイスQ&A 問113「免税事業者等からの仕入れに係る経過措置」
• 国税庁「令和8年度税制改正特集」

令和8年10月5日現在の公表資料に基づく説明です。簡易課税・2割特例等の計算方法や、帳簿のみで控除できる別の特例は対象外としています。