1年のうちに「収用による譲渡」と「居住用（マイホーム）の譲渡」が重なると、
「収用の5,000万円控除も、マイホームの3,000万円控除も、同じ年に両方使えるの？」というご相談が増えます。

この記事の結論（先に要点）

  • 別々の物件でそれぞれ要件を満たすなら、同一年に「2つの特例」を検討すること自体は可能です。
  • ただし、国税庁No.3223のとおり、その年の特別控除の合計は最大5,000万円（8,000万円にはなりません）。
  • さらに収用は、受け取るお金のうち「対価補償金」が原則として特例（5,000万円控除）の対象で、内訳次第で対象外（別所得）になる補償金があります。

目次

国税庁No.3223：特別控除の基本ルール（必ずここから）

国税庁タックスアンサーNo.3223では、譲渡所得の特別控除について、次の3点が明確に整理されています。

  1. それぞれの特別控除額は、特例ごとの譲渡益が限度
  2. 特別控除額は、その年の譲渡益全体を通じて、合計5,000万円が限度
  3. 5,000万円に達するまでの控除は、（1）→（7）の順に控除

また、No.3223の「特別控除の種類」は次のとおりです（代表的な7類型）。

  1. 公共事業などのために土地や建物を売った場合：5,000万円
  2. マイホーム（居住用財産）を売った場合：3,000万円（空き家特例も関連）
  3. 特定土地区画整理事業など：2,000万円
  4. 特定住宅地造成事業など：1,500万円
  5. 平成21年・22年取得の国内土地：1,000万円
  6. 農地保有の合理化など：800万円
  7. 低未利用土地等：100万円

したがって「収用5,000万円＋マイホーム3,000万円＝合計8,000万円控除」とはならず、
同一年に使える特別控除の合計は最大5,000万円です。

具体例：収用＋マイホームが同一年のとき（結論が分かれるポイント）

ポイントはシンプルで、収用側で5,000万円枠を使い切るかどうかです。

ケース収用（譲渡益）マイホーム（譲渡益）その年に使える特別控除
A 収用で枠を満額消化譲渡益6,000万円 → 5,000万円控除（満額）譲渡益2,000万円年上限5,000万円に到達 → マイホーム控除枠が残らず適用不可
B 収用で枠を使い切らない譲渡益2,000万円 → 2,000万円控除譲渡益3,000万円残り枠3,000万円まで → マイホーム控除の適用余地

なお、マイホームの3,000万円控除は「その家屋・敷地について他の特例の適用を受けていないこと」など要件がありますが、
収用物件とマイホームが別物件であれば、通常は要件衝突は起きにくい整理になります（※個別事情で要確認）。

重要：収用の「補償金の内訳」と特別控除の対象（ここで申告ミスが起きやすい）

収用の入金は、見た目は「まとまった譲渡代金」でも、実務では複数の名目の補償金が混在します。
国税庁No.3555では、補償金を次のように分類し、課税上の取扱いを整理しています。

原則

収用等の課税の特例（例：譲渡所得から最高5,000万円控除）の適用がある補償金は、原則として「対価補償金」だけです。
したがって、入金総額をそのまま「譲渡代金」として扱わない（内訳で切り分ける）ことが重要です。

補償金の種類課税上の取扱い（概要）5,000万円控除の対象
対価補償金譲渡所得（または山林所得）の計算上の収入となり、収用等の場合の課税特例の適用あり原則：対象
収益補償金事業の態様に応じ、不動産所得・事業所得・雑所得の総収入金額に算入（例外あり）原則：対象外
※建物の対価補償金が再取得価額に満たない場合、その不足分を収益補償金から対価補償金として扱えることがあります。
経費補償金（イ）休廃業等に伴う費用補てん：事業態様に応じ不動産所得・事業所得・雑所得の総収入金額に算入
（ロ）対象資産以外の資産（棚卸資産除く）の損失補てん：譲渡所得（または山林所得）の総収入金額に算入（例外あり）		原則：対象外（ただし例外あり）
※事業廃止等で機械装置等を他に転用できない場合の経費補償金は、対価補償金として扱えることがあります。
移転補償金交付目的に従って支出した部分は、各種所得の計算上「総収入金額に算入しない」。
目的に従って支出しない／支出後に残った部分は、一時所得の計算上「総所得金額に算入」。（例外あり）		原則：対象外（ただし例外あり）
※引家・移築補償金でも実際に取り壊した場合等は対価補償金扱いとなることがあります。借家人補償金は対価補償金とみなされます。
その他の補償金実態に応じ各種所得の総収入金額に算入（ただし、改葬料・精神的補償など非課税となるものは課税されない）内容次第

実務のコツ：収用の申告では、施行者から交付される「補償金支払明細（内訳書）」を起点に、
「対価補償金（＝譲渡所得）」と、それ以外（事業所得・不動産所得・雑所得・一時所得等）を切り分けたうえで、
5,000万円控除を“どの金額に対して”適用するのか整理します。

実務チェックリスト（最低限ここだけ）

  • 収用・マイホームそれぞれの譲渡所得（譲渡益）の概算を別々に作る
  • 収用は必ず補償金の内訳書を確認（対価補償金／収益補償金／経費補償金／移転補償金 等）
  • 国税庁No.3223のとおり、その年の特別控除合計は最大5,000万円で試算する
  • 添付書類（買取り申出関係の証明書、収用関係書類、居住実態資料など）を早めに整える

※本記事は一般的な情報提供を目的としています。適用可否は、補償金の内訳・所有関係・居住実態・買換え特例の選択等により結論が変わります。具体的な判断は個別資料に基づきご確認ください。

ご相談（譲渡・収用・マイホーム特例の整理）

収用は「補償金の内訳の切り分け」と「特別控除の年上限」を同時に整理する必要があります。
試算・添付書類の確認も含め、お気軽にご相談ください。
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